越來越多的企業受到滲透系統問題的困擾，尤其是滲透系統通常存在三大問題：懸浮物、膠體污堵，生物污堵和化學結垢。為了保證系統長期穩定、有效運行，提高水的利用效率，需要向反滲透系統中投加化學藥劑，對原水進行適當的處理，以減少反滲透膜的污堵和結垢。
1 懸浮物、膠體污堵
自然界的水中含有各類雜質，包括懸浮物質、溶解物質和膠體物質。懸浮物和膠體物質包括淤泥、微細砂粒、鐵的腐蝕產物、無機和有機膠體等，當用反滲透膜對水和溶質進行分離時，如果原水中的懸浮物和膠體物質在膜表面堆積使膜受到污染，則系統壓差增加，產水量降低，脫鹽率下降。
通過向原水中加入絮凝劑（和助凝劑），利用絮凝劑的吸附作用、中和作用和網捕作用，去除原水中的懸浮物質和膠體物質，使預處理后的水質符合反滲透膜的進水要求，避免雜質在膜表面堆積使膜污染。反滲透裝置進水對懸浮物和膠體物質的含量用兩個指標來控制：一個是濁度，一個是SDI（污泥密度指數）。一般卷式膜組件要求進水濁度小于1NTU，最好達到0.2NTU；要求進水SDI小于5。
2 生物污堵
天然水，尤其是地表水（河水、湖水）中含有大量的微生物，當天然水作為原水進入反滲透系統后，把大量的微生物帶入到系統中。再者，反滲透系統水溫通常為20～40℃，特別有利于微生物的生長。生物污堵特點是開始時易在反滲透系統前端形成污染物，隨后擴展到整個反滲透系統。系統存在死角區，或停用時間過長都會造成細菌微生物生長繁殖，粘附在膜表面形成生物粘膜，使系統運行壓差升高，產水量下降，脫鹽率先是略有上升，然后降低。
控制微生物生長的有效方法之一是添加殺菌劑。因此，在反滲透系統正常運行和停運期間，都要投加殺菌劑對其進行滅菌處理，以保護膜組件和系統的穩定運行。
3 化學結垢
反滲透原水中含有大量的鹽分，既有溶解于水的鉀離子、鈉離子、氯離子等，也有難溶于水的鹽類如重碳酸鹽、碳酸鹽、硫酸鹽、硅酸鹽等。原水經過反滲透系統后，濃水則經過了4倍的濃縮（以系統75%的回收率計算），水中離子濃度增加，致使離子過飽和而生成水垢。 化水結垢往往發生在二段，濃水中過量的溶解鹽沉淀而結垢。表現為原段壓降升高，脫鹽率下降，出力降低。
為了減少難溶鹽的析出，減緩無機鹽垢的形成，常常向其中加入阻垢劑，利用阻垢劑的增容、螯合、分散等作用，提高CaCO3等鹽類物質的溶解度，降低其結垢傾向，從而達到阻垢的目的。對于某些較差水質，還考慮加酸，配合阻垢劑使用。
